Nua consola como root faz os seguintes passos:

1 - Criar a directoria /lib/modules/2.6.16-rc3-git3-2-default/kernel/fs/subfs/ :
mkdir /lib/modules/2.6.16-rc3-git3-2-default/kernel/fs/subfs/

2 - Copiar o módulo para essa directoria:
cp subfs.ko /lib/modules/2.6.16-rc3-git3-2-default/kernel/fs/subfs/

3 - Actualizar a lista de módulos com o comando:
depmod -ae

E pronto, renicia a máquina e o subfs já deve estar a funcionar....